生物质锅炉跟一般锅炉一样，用的时间长便会出现水垢。水垢的伤害还是不可小觑的，起先消耗燃料、降低锅炉热效，锅炉结有水垢时，使锅炉遇热面的热传导特性下降，燃料点燃所释放的发热量不可以传送到锅炉水里，很多的发热量被烟尘带去，导致排烟系统温度上升，排烟系统热损害提升，锅炉的热效降低。

次之，危害锅炉安全性运作，锅炉水垢经常形成在耗热量很高的锅炉遇热表面。因水垢传热性能很差，造成金属材料壁厚部分温度大大的上升。当温度超过了金属所能承担的容许温度时。金属材料因超温而应力松弛，抗压强度降低，在锅炉压力下，金属材料会产生起包、破孔和裂开、危害生物质锅炉安全性运作。并且水垢会降低锅炉负荷率；锅炉积垢后，因为导热性下降，要达锅炉额定值年降雨量或额定值产发热量，必须多耗费燃料。但伴随着积垢薄厚的提升，及其炉内容量的炉排片总面积是固定不动的，燃料耗费受限制，因而锅炉的负荷率便会降低。